El objetivo del acuerdo es acondicionar los edificios que componen el complejo monacal para posibilitar su uso como albergue de peregrinos y centro de investigación, documentación, protección y difusión de los valores jacobeos, así como instalar un centro de voluntariado y otro destinado a asistencia y ayuda social. Destaca la instalación de rampas para permitir la accesibilidad de personas con movilidad reducida y una exposición para explicarle al visitante cuáles eran los orígenes del Monasterio y cómo ha influido el Camino de Santiago a su paso por este lugar.
La iglesia se encuentra restaurada y en perfecto estado y en la Capilla de San Nicolás ha sido restaurada la cubierta. Otras partes, como el actual albergue de peregrinos, se usan pero necesitan una restauración o mejora. Las alas del antiguo monasterio y el claustro son las partes que requieren la intervención.
Las intervenciones que se van a llevar a cabo en el Monasterio se enmarcan dentro de la Estrategia de los Caminos a Santiago por Castilla y León y del proyecto Hitos del Camino, liderado por la Junta de Castilla y León. Este proyecto forma parte del programa cultural Camino de las Estrellas en el que participan las diferentes comunidades autónomas por las que pasa el Camino de Santiago Francés y pretende poner en valor los principales monumentos de la ruta xacobea.
El Arzobispado de Burgos ostenta la titularidad del Monasterio de San Juan de Ortega y con esta restauración pretende dotar de una mayor utilidad sociocultural al inmueble. El Monasterio, declarado Bien de Interés Cultural en 1931, atiende desde hace más de 800 años a los peregrinos que por allí pasan en busca de la catedral compostelana
El coste de las actuaciones asciende a 6 millones de euros, de los que la Junta de Castilla y León invertirá 3.500.000 euros y Caja de Burgos 2.500.000 de euros.
Dentro de las actuaciones de restauración y rehabilitación que ya se han llevado a cabo en el monumento, destacan la instalación de rampas y estructuras para permitir la accesibilidad de personas con movilidad reducida, la adecuación del Refectorio para visitas, la limpieza y consolidación de elementos pétreos y la reforma de la Capilla de San Nicolás.
Primer Hito castellano y leonés
El Monasterio o mejor dicho el conjunto patrimonial que lo constituye, fue fundado por el propio Santo en el siglo XII, y en sus orígenes estaba constituido por un hospital, una botica y una iglesia. También son interesantes la capilla de San Nicolás con su rejería renacentista y la hospedería con su patio del siglo XVI.